En 1989, une pluie de météorites tombe sur la petite ville de Smallville au Kansas. Les parents de Lana Lang (Kristin Kreuk) alors âgée de 3 ans, sont tués par une de ces météorites tandis que Martha (Annette Toole) et Jonathan Kent (John Schneider) découvrent dans un champ de maïs un petit garçon nu et son vaisseau spatial, qu'ils recueillent, adoptent et élèvent comme leur propre fils. Nous apprenons plus tard que ce n'est pas un hasard s'ils trouvent Clark dans ce champ. En effet Jor-El est déjà venu à Smallville plusieurs années auparavant. Et a été aidé par le père de Jonathan, qui lui a promis son aide s'il en avait encore besoin. Alors Jor-El confie son fils unique à l'enfant de cet homme qui lui a jadis sauvé la vie, dans l'idée qu'il fasse son apprentissage sur Terre, avant de revenir sur Krypton.
Douze années ont passé à Smallville. Clark Kent (Tom Welling) est devenu un adolescent séduisant, et intelligent qui mène la vie d'un lycéen sans histoire. Pourtant Clark est complexé. Doté de mystérieux pouvoirs qu'il ne maîtrise pas bien, il n'accepte ni ne comprend ses différences. Il découvre également les effets néfastes des Kryptonites vertes, et rouges sur son organisme. Il lutte aussi contre des êtres transformés par les météorites, et ainsi sauve de nombreuses vies. Au dépens de sa vie privée, et bien évidemment sociale.
Clark sauve entre autre la vie d'Alexander Joseph Luthor alias Lex (Michael Rosenbaum) revenu à Smallville pour aider son père à faire tourner l'entreprise familiale d'engrais. Ils deviennent tous deux amis. Clark voit bientôt Lex comme le grand frère qu'il n'a jamais eu.
Ses meilleurs amis, Pete Ross (Sam Jones III) et Chloé Sullivan (Allison Mack), n'ont pas la moindre idée de ses pouvoirs. Il y a bien des moments où ils l'apprennent, mais seul Pete s'en souvient. En effet Chloé elle ne l'apprend que lorsqu'elle est sous l'emprise d'un insecte alien. (épisode n° 214 Rush)
Clark tombe aussi amoureux de sa voisine Lana Lang. Une véritable beauté et une des filles les plus populaires du lycée. Qu'il ne peut hélas pas approcher parce qu'elle porte autour de son cou un pendentif créé à partir d'un morceau de Kryptonite responsable de la mort de ses parents. De plus Lana a un petit ami qu'elle aime, Whitney Fordman (Eric Johnson), un quaterback populaire. Ce qui n'aide pas notre Superman à la faire tomber dans ses bras. Malheureusement ou heureusement Whitney s'engage dans la NAVY, il est beaucoup moins présent pour Lana, et Clark devient le meilleur ami ainsi que le confident de cette dernière. Ce rapprochement soudain s'intensifie lorsque Lana apprend le décès de l'homme qu'elle aime. Ils se rapprochent jusqu'au point d'être plus que des amis l'un pour l'autre, au grand détriment de notre si chère Chloé, qui voit l'homme de ses rêves partir avec sa meilleure amie, et s½ur de coeur. Elle leur en veut à tous les deux de lui avoir caché la vérité, et sous le coup de la colère elle s'allie à Lionel Luthor contre Clark.
Clark a plus tard des problèmes avec Jor-El. En effet il fait son retour dans la vie du superhéro. Il veut que son fils revienne, mais avant, qu'il ne devienne le maître du monde. Or Clark lutte de toutes ses forces pour lui tenir tête. Alors Clark, dans un dernier espoir, fait exploser son vaisseau spatial, malheureusement la déflagration touche la voiture dans laquelle se trouvent ses parents et le choc provoque la fausse couche de Martha. Clark, qui a l'impression d'avoir créé plus de problèmes qu'il n'en a résolus, part pour Metropolis. Il met la bague incrustée de kryptonites rouges et demande à Lana de partir avec lui, mais elle ne peut se résoudre à laisser son café ainsi que ses amis. Il part alors seul à la conquête de cette ville aux merveilles.
